Entsprechend der Höhenstufung sind unterschiedliche Vegetationszonen feststellbar.

600 - 1600 m Waldzone:Untere Region sind Fichten, Buchen, Kiefern und Lärchen verbreitet. Ericaceen, Ahorn und Wacholder sind auch zu finden. Als besonderes Naturdenkmal ist hier der Ahornboden im Karwendel zu erwähnen mit fetten, üppigen Mähwiesen und herrlichen Blumenwiesen. An der oberen Waldgrenze finden sich meist Fichten, Lärchen, Zirben und Legföhrer (Kalkalpenplateaus).

1500 - 2300 m:Almen mit typische Bergblumen (großteils geschützt), wie Alpenaster, Alpenleinkraut, Arnika, Enzian aller Art, Trollblume ... Einzelne Bäume wie Zirbelkiefern, Latschen und Lärchen sowie Bestände von Krummholzkiefern (bis 2400 m). Auch eine alpine Heide ist hier vertreten.

2300 - 2700 m: In der Felsregion gedeihen neben Moosen und Flechten noch einige Blütenpflanzen - wie das Edelweiß und die Aurikel (streng geschützt!); der Gletscherhahnenfuß wächst noch in einer Höhe von 2000 - 4000 m, und ist damit die höchste Blütenpflanze Europas.

Auf alpinen Terrassen sind immer wieder Hochmoore zu. Kennzeichnende Begleitpflanzen dieses Biotops sind Wollgras, Heidekraut, bestimmte Riedgräser, Zwergbirke.