Die Tierwelt des Burgenlandes verdankt vor allem dem einzigartigen Biotop des Neusiedler Sees ihre besondere Vielfalt. Der Neusiedler See mit seinem breiten Schilfgürtel gilt als eines der größten Vogelparadiese Mitteleuropas. Man kann rund 280 zum Teil sehr seltene Vogelarten beobachten - davon sind ca. 150 Arten Brutvögel -, unter anderem Kormoran, Löffler, Silber-, Purpur- und Fischreiher, Kranich, Seeregenpfeifer, Säbelschnäbler, Seeschwalbe, Graugans, Stockente, Wachtel, Lachmöwe, Zwergtaucher, Uferschnepfe, Wiedehopf, Pirol, Eisvogel, Große Rohrdommel und Zwergrohrdommel.
Im Sommer erwärmt sich der flache See bis auf 30 Grad, im Winter friert er regelmäßig zu, daher ist er ein klassisches Karpfen- und Hechtgewässer. In Rust und den Dörfern des Seewinkels gehören Jahr für Jahr nistende Störche auf den Hausdächern zum Ortsbild. Im flachen Weideland brütet sogar die Großtrappe, ein gansähnlicher Flugvogel.
Der Naturschutz begann schon in den Dreißigerjahren; Seit 1993 besteht der Nationalpark Neusiedler See-Seewinkel, der erste grenzübergreifende Nationalpark Europas.
Hier sind auch Fischotter, Hamster, Wiesel, Steppenmäuse, Frösche, Kröten, Molche, Lurche, Ringelnattern, Glattnattern und Spitzkopfottern heimisch.
In den Waldgebieten leben vereinzelt noch Schrei-, Schell- und Zwergadler. Noch seltener sind Adlerbussard und Steinadler.
