Haydn wird als Vater der klassischen Symphonie und des Streichquartetts betrachtet und gilt als Erneuerer der Klaviersonate und des Klaviertrios.
Joseph Haydn war fleißig: Er hinterlässt mehr als 1200 Werke. Eine vollständige Auflistung seiner Kompositionen wurde vom niederländischen Musikwissenschafter Anthony van Hoboken (1887–1983) erstellt und ist heute als
Hoboken-Verzeichnis bekannt.
Das umfassende Werk des Meisters umfasst u.a.
107 Symphonien („Abschiedssymphonie“, „Die Uhr“, „Mit dem Paukenschlag“),
24 Opern („Acide e Galatea“, „L'infedeltá delusa“, „Orlando Paladino“, „Armida”),
14 Messen („Nelsonmesse“, „Theresienmesse“),
Oratorien („Die Schöpfung“, „Die Jahreszeiten“),
Solokonzerte, Kammermusik, Klaviermusik, Vokalwerke u. v. m. Haydn wird als Vater der klassischen Symphonie und des Streichquartetts betrachtet und gilt als Erneuerer der Klaviersonate und des Klaviertrios. Vielleicht mehr als jeder andere Komponist ist er bekannt für seine in Musik verpackten Scherze. Das berühmteste Beispiel ist der plötzliche laute Akkord in der Sinfonie Nr. 94 „mit dem Paukenschlag“.
Haydns frühe Werke sind vom Barock geprägt. In seiner Sturm und Drang-Zeit ist seine Musik voll von zackigen Akkorden, plötzlichen Übergängen und seltsamen Moll-Harmonien. Ab 1781/1782 steht Haydn in regem
Gedankenaustausch mit Mozart. Beide erkennen einander als ebenbürtige Meister an, schließen Freundschaft und lernen voneinander.
In den 1790er-Jahren entwickelt Haydn, angeregt durch seine Englandreisen, einen ihm eigenen populären Stil, der ihm beispiellose Erfolge sichert. Dabei verwendet er
österreichisches oder kroatisches folkloristisches (oder erfundenes pseudo-folkloristisches) Material. Dieser Stil ist in nahezu allen späteren Werken hören, zum Beispiel in den zwölf Londoner Symphonien.
Gemeinsam mit W. A. Mozart und Ludwig van Beethoven zählt Joseph Haydn zu den Meistern der Wiener Klassik; sein Spätwerk reicht bis in die Romantik.
Ein Werk Haydns brachte es sogar zur Nationalhymne: "Gott erhalte Franz, den Kaiser" komponierte Haydn 1797 als Kaiserhymne. Die Melodie ist heute jene der Nationalhymne der Bundesrepublik Deutschland "Einigkeit und Recht und Freiheit ...".