Zurück in Wien
Seine späten Lebensjahre verbringt Haydn wieder in Wien, wo 1808 sein letzter öffentlicher Auftritt stattfindet.
Im März 1808 wird der alte Meister in einem Sessel zu seinem letzten öffentlichen Auftritt in der Aula der Alten Universität (heute Akademie der Wissenschaften, 1., Dr.-Ignaz-Seipel-Platz 2) getragen, wo er der Aufführung seiner „Schöpfung“ beiwohnt. Einer der Gäste: Ludwig van Beethoven.
Am 31. Mai 1809 stirbt Joseph Haydn friedlich im heutigen Haydnhaus, wo sich eine Haushälterin und sein Sekretär Johann Elßler, Vater der bekannten Tänzerin Fanny Elßler, viele Jahre um ihn gekümmert haben. Noch im hohen Alter soll er fast täglich die Melodie der Kaiserhymne intoniert haben.
Ein großes Zeichen der Bewunderung hat Napoleon gesetzt, der Feldherr der feindlichen Truppen, die Wien damals belagern: Als es mit Haydn bergab geht, lässt er eine Ehrenwache vor dessen Haus postieren.
Haydns Grabstätte ist zunächst in Wien auf dem damaligen Hundsturmer Friedhof (heute Haydnpark, 12., Gaudenzdorfer Gürtel). Heute ist an der Stelle nur ein Gedenkstein zu finden: „Nicht ganz werde ich sterben“ lautet die Inschrift.
Von Anhängern der Schädellehre, die glauben, von der Schädelform Rückschlüsse auf die geistigen Fähigkeiten schließen zu können, wird kurz nach Haydns Tod sein Schädel entwendet. Nach mehreren Besitzerwechseln gelangt der Schädel erst 1954 in die Bergkirche in Eisenstadt, wohin der übrige Corpus schon 1820 überstellt wurde.