Retour à Vienne
Haydn passe les dernières années de sa vie à Vienne, où il apparaît pour la dernière fois en public en 1808.
En mars 1808, c’est en fauteuil à bras que l’on transporte le vieux maître pour son dernier concert public, dans la grande salle de l’Ancienne Université (auj. Académie des Sciences, Dr.-Ignaz-Seipel-Platz 2, Vienne I), où il assiste à la première représentation de son oratorio La Création. Dans le public a pris place un certain Ludwig van Beethoven.
Le 31 mai 1809, Joseph Haydn décède paisiblement dans la Haydnhaus, où sa gouvernante et son secrétaire Johann Elssler, père de la célèbre danseuse Fanny Elssler, veillent sur lui depuis plusieurs années. On dit qu’il jouait presque tous les jours la mélodie de l’Hymne à l’Empereur.
Napoléon Ier lui-même, bien qu’à la tête d’une armée ennemie occupant Vienne, marqua son respect pour le compositeur en faisant poster une garde d’honneur devant son domicile dans les derniers mois.
Haydn fut d’abord inhumé à Vienne, dans l’ancien cimetière du Hundsturm (auj. Haydnpark, Gaudenzdorfer Gürtel, Vienne XII). L’emplacement de sa tombe n’est plus marqué que par une plaque sur laquelle est écrit : « Non omnis moriar, je ne mourrai pas tout entier. ».
Le crâne de Haydn fut subtilisé peu après sa mort par des adeptes de la phrénologie, qui cherchaient à établir un lien entre la forme de l’occiput et les capacités intellectuelles du compositeur. Étant passé de mains en mains, le crâne rejoignit en 1954 l’église du Calvaire d’Eisenstadt, où la dépouille mortelle de Haydn avait déjà été transférée en 1820.