Újra Bécsben

Haydn még maga vezényelte 1800-ban Budán a Teremtés bemutatóját, 1803-tól azonban visszavonult, nem írt több muzsikát, hanem könyvtárát, művei jegyzékét rendezgette. Háza még életében a zenészek zarándokhelyévé vált: kitüntetésekkel, diplomákkal halmozták el. 1808 márciusában a mestert már karosszékben vitték utolsó nyilvános fellépésére a Régi Egyetem aulájába (ma a Tudományok Akadémiája, 1., Dr. Ignaz-Seipel-Platz 2), ahol végighallgatta a „Teremtés” oratóriumának előadását. A vendégek között ott ült Ludwig van Beethoven is.

Napóleon, a Bécset uraló, ellenséges csapatok vezére, amikor hallotta, hogy Haydn haldoklik, csodálata jeléül díszőrséget állíttatott Haydn háza elé.

Joseph Haydn 1809. május 31-én csendesen halt meg otthonában, a mai Haydn-házban, a róla éveken át gondoskodó házvezetőnőjének, valamint titkárának, Johann Elßlernek a karjai között.
A visszaemlékezések megemlítik, hogy Haydn még idős korában is majd’ naponta intonálta a Császári Himnusz melódiáját.

Haydn első nyughelye Bécsben, az akkori Hundsturmer temetőben (mai Haydnpark, 12., Gaudenzdorfer Gürtel) volt. Sírja helyén ma emlékkő található a felirattal: „Nicht ganz werde ich sterben.” (Nem halok meg egészen.)

Kultusza olyan erőteljes volt, hogy amikor az Esterházyak Haydn maradványait Bécsből Kismartonba akarták szállítani, felfedezték, hogy a Mester feje hiányzik. Kiderült, hogy a koponyát a szellemi képességeket a fej formájából vizsgáló kutatók távolították el nem sokkal Haydn halála után. 1954-ben egyesítették végre a hamvakat, amelyek a kismartoni Kálvária-templom Haydn-mauzóleumában nyugszanak immár 1820 óta.